El final de la primera temporada es igual que cómo comenzó la segunda, es decir, al ser una serie antigua, no tienen continuidad, y cada episodio son independientes. Es de notar que la segunda temporada es un poco más aburrida que la primera, y los diálogos y argumentos empiezan a ser iguales; pero lo que va desarrolllándose es la relación entre los 3 principales: por supuesto Kirk, el primer oficial Spok y el tercero, que incluso ya tiene sus propios créditos en la música inicial de la serie, el doctor McCoy.
Entre los 3 está surgiendo poco a poco una bonita amistad y sobretodo admiración. Tenemos al Spok serio y totalmente racional, al rebelde McCoy y a Kirk que intenta un poco mediar entre ambos. Episodio tras episodio, y en cada crisis, se van juntando y respetándose. Hay episodios curiosos como el de la época de apareamiento de Spok, o el planeta en el que un futuro enemigo poderoso llamado Khan se aposenta en un planeta que le da Kirk, o un cometa que provoca una radiación que hace envejecer a la carrera a los tripulantes, etc…
Esta segunda temporada se afianza la idea de que los klingon son los grandes enemigos de la Federación, y poco a poco se va viendo la animadversión de ellos. En definitiva, una segunda temporada que, aunque repetitiva, se va viendo detalles interesantes, como el saludo vulcaniano de «larga vida y prosperidad» que sale por primera vez… y que McCoy no sabe cómo posicionar los dedos de la mano para ello…
