El capitán Archer se va convirtiendo en un guerrero. Ya no es un explorador sin más, sino que se da cuenta de que no tiene que ser tan «bueno» sino tener más mala lecha y usar más sus armas para destruir naves enemigas.
Los klingon le detienen por haber ayudado sin saberlo a unos refugiados huidos de allí, y por ello le van persiguiendo alli adonde va. Logra escaparse un par de veces e incluso en una de ellas destruye la nave klingon que le persigue. Está claro que Archer ha cambiado.
Una sonda alienígena llega a la Tierra y hace una raja en el planeta matando a más de 8 millones de personas, desde Florida hasta Venezuela. La Enterprise va en busca a dicha raza en una zona muy peligrosa de la galaxia llamada la «Expansión», y consiguen llegar a dicha raza para averiguar el por que de ese ataque. Y resulta que en el futuro, dentro de 400 años, la Tierra destruirá a dicha raza alienígena y por ello se han adelantado a su tiempo y están probando diferentes armas para destruir la Tierra antes.
Ahora veremos, a lo largo de la temporada 3, cómo reaccionará la Flota Estelar y qué decidirá el capitán Archer para evitar más masacres. Sin duda, esta tercera temporada promete ser más interesantes que la segunda.
